Salvo que las partes pacten el procedimiento, la Corte dispone de un Reglamento aplicable a los procedimientos arbitrales administrados por ella, el cual estructura los trámites del arbitraje, distinguiendo las siguientes fases:
- Una preliminar de aceptación del arbitraje por la Corte.
- La de alegaciones escritas.
- Una comparecencia ante el Árbitro para fijar las posiciones de las partes y los aspectos procesales de la controversia, atendidas sus circunstancias concretas.
- La fase probatoria.
- La fase de conclusiones.
Los arbitrajes pueden tener carácter internacional y tramitarse y resolverse conforme al idioma o idiomas que acuerden las partes. Además, los arbitrajes se decidirán en equidad si las partes han autorizado expresamente para ello y su procedimiento puede ser más sencillo y flexible que el establecido para los arbitrajes de derecho.
La Corte proporciona apoyo administrativo a la tramitación del arbitraje, con modernos medios informáticos y audiovisuales.
El Secretario de la Corte lo es del procedimiento arbitral. La Corte dispone de relaciones con peritos y expertos no juristas para auxiliar la labor arbitral.